Les bactériophages : les chasseurs de l’intestin

Les virus qui n’infectent que des bactéries comptent parmi les entités les plus nombreuses de l’intestin. Ce qu’ils y font.

Quelle est la solidité de la recherche ? Plausible

Que les phages participent à la régulation du microbiote est bien établi en laboratoire et chez l’animal. Chez l’humain, la recherche est encore jeune : il existe des études observationnelles et quelques petits essais contrôlés.

État sain

Les Bactériophages Des virus qui n’infectent que les bactéries. Dans l’intestin, il y a probablement autant de phages que de bactéries, peut-être plus, et ils influencent quelles bactéries s’imposent. , ou phages, sont des virus qui n’infectent que des bactéries. Ils ne peuvent pas infecter les cellules humaines. Ils constituent la plus grande partie du « virome », l’ensemble de tous les virus de l’intestin. Par gramme de selles, il y a probablement des milliards de particules virales, à peu près autant que de bactéries, peut-être plus. Le chiffre souvent cité de « dix fois plus de phages que de bactéries » est considéré comme dépassé, et les chiffres varient selon la méthode de mesure. Il existe aussi des virus qui infectent des champignons, des amibes et des cellules humaines, mais ils sont minoritaires.

La plupart de ces phages restent inconnus : pour la majorité des séquences découvertes, on ne peut pas dire quelle bactérie ils infectent. Les spécialistes parlent de « matière noire ». On sait par exemple que les phages dits de type crAss, qui infectent des espèces de Bacteroides, sont très fréquents chez beaucoup de personnes. Chez l’humain, le virome se forme dans les premières années de vie en même temps que les bactéries. L’alimentation, l’âge et le lieu de vie le façonnent ensuite.

Ce qui frappe, c’est à quel point il est personnel et stable. Dans une étude qui a suivi des adultes en bonne santé pendant des mois, jusqu’à plus de deux ans, chaque personne avait son propre « noyau » de phages, remarquablement constant dans le temps. Presque aucun phage n’était présent chez la plupart des participants. Comme pour l’empreinte bactérienne, il n’y a pas une seule image saine de phages, mais beaucoup.

Chaque phage est spécialisé dans certaines bactéries. Si une espèce devient plus fréquente, ses phages trouvent plus de proies et peuvent la limiter, de sorte qu’aucune espèce ne devienne trop puissante. Ce principe est connu sous le nom de « prédateur et proie » : les effectifs des deux côtés fluctuent sans que la proie disparaisse, car les bactéries modifient sans cesse leur surface pour échapper aux phages et possèdent leurs propres systèmes de défense (le plus connu est CRISPR). Cette course aux armements maintient une grande diversité. À quel point cela joue dans l’intestin humain reste incertain, car la plupart des preuves viennent du laboratoire et de modèles animaux.

Beaucoup de phages vivent en outre discrètement dans le génome de leurs bactéries et ne se multiplient qu’avec elles (phages « dormants » ou tempérés). Dans un intestin sain, la relation est plutôt une cohabitation. Des résultats de laboratoire suggèrent aussi que les phages peuvent se fixer au mucus intestinal et monter ainsi la garde à la frontière avec la paroi intestinale, là où les bactéries pourraient être particulièrement dangereuses. De petites quantités de phages sont par ailleurs absorbées et retrouvées dans le corps. Savoir si cela compte pour le système immunitaire reste ouvert.

Les phages chassent l'espèce la plus fréquente, d'autres dorment dans le génome de leurs bactéries.

État perturbé : causes et conséquences

Le stress pour les bactéries, par exemple dû aux antibiotiques, à l’inflammation ou au stress oxydatif (composés agressifs de l’oxygène), peut réveiller des phages dormants. Le principe : des dommages au génome déclenchent chez la bactérie une réponse d’urgence, et les phages dormants dans son génome s’en servent comme signal pour se multiplier et faire éclater la cellule. Ils peuvent ainsi détruire beaucoup d’hôtes à la fois et déplacer la flore sans qu’aucun nouveau germe n’arrive de l’extérieur.

Dans les Maladie inflammatoire chronique de l’intestin Terme qui regroupe la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique : des inflammations durables de l’intestin, évoluant par poussées, qui doivent être traitées médicalement. Plus dans le chapitre « Système immunitaire et inflammation », la communauté de phages est nettement modifiée. Dans une étude, un groupe particulier de phages (Caudovirales) était augmenté dans la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique alors que la diversité bactérienne diminuait en même temps ; le changement ne s’expliquait donc pas seulement par davantage de proies. La communauté est aussi modifiée dans le cancer colorectal et la cirrhose du foie. Cause ou conséquence ? Ce n’est pas clair. Les deux sont envisageables : l’inflammation réveille des phages, et les phages pourraient attiser l’inflammation en faisant éclater des bactéries. Pour l’instant, c’est une hypothèse.

Les phages peuvent aussi transférer des gènes entre bactéries. Des exemples connus sont des toxines : les gènes de la toxine Shiga de certaines souches d’E. coli et de la toxine cholérique sont portés par des phages. Des gènes de résistance peuvent aussi être transmis ainsi, mais cela se produit probablement moins souvent dans l’intestin que dans l’environnement. Pour les personnes en bonne santé, ce n’est pas un motif d’inquiétude au quotidien.

Les antibiotiques modifient non seulement les bactéries, mais aussi les virus qui en dépendent. Après un traitement, le profil des phages se déplace, et il peut falloir des mois avant qu’il ne se stabilise de nouveau. Une greffe de selles transfère des virus en même temps que des bactéries. Dans les infections récidivantes à Clostridioides difficile Une bactérie qui peut se répandre après des antibiotiques et provoquer une diarrhée sévère par ses toxines. Plus dans le chapitre « Après les antibiotiques : C. difficile et la transplantation fécale », cela pourrait expliquer une partie de son effet. C’est considéré comme un indice, non comme une preuve.

Il est important de relativiser : les virus sont difficiles à mesurer, les méthodes diffèrent d’une étude à l’autre et une grande partie des séquences ne peut être attribuée à aucun phage. Des affirmations comme « les phages X sont bons » ou « les phages Y rendent malade » ne sont aujourd’hui pas possibles pour des individus. En conséquence, les tests commerciaux du virome ne sont pas significatifs.

Le stress réveille les phages dormants : ils se multiplient et les bactéries éclatent.

Ce qui aide souvent

Mode de vie

Alimentation, activité physique, sommeil, liens sociaux et gestion du stress.

Stabiliser le microbiote dans son ensemble Les phages suivent leurs bactéries hôtes. L’alimentation, l’âge et le lieu de vie façonnent la communauté de phages. Un microbiote diversifié porte aussi un écosystème de phages diversifié. Les meilleurs leviers sont donc les mêmes que pour les bactéries : une alimentation variée, riche en végétaux, avec des fibres. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [1][2]
Aliments fermentés Les aliments fermentés contiennent, outre des bactéries, leurs phages. Que cela joue un rôle pour l’intestin n’a pas encore été étudié. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.
Antibiotiques seulement si nécessaire Les antibiotiques stressent les bactéries et peuvent réveiller des phages dormants. Lorsqu’ils sont nécessaires, prends-les comme prescrit. Ils ne servent à rien contre les infections virales comme le rhume ou la grippe. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [1]

Compléments naturels

Les compléments ne remplacent pas un bilan médical. Parle du dosage et des interactions avec ton médecin ou ton pharmacien.

Préparations de phages Un produit contenant des phages contre E. coli a réduit la quantité d’E. coli dans les selles de personnes en bonne santé dans une petite étude croisée et a été bien toléré. Dans une seconde étude, associé à un probiotique, il y avait des signes de meilleur bien-être et de davantage de bactéries utiles. Un bénéfice clair sur les troubles n’est pas démontré. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [3][4]
Pas pour les ballonnements ni le côlon irritable Les préparations de phages n’ont pas été étudiées pour le côlon irritable ni pour les ballonnements. Elles ne devraient pas servir à « optimiser le virome », car il n’existe pas de valeur cible. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

Traitements médicaux

Information, pas une recommandation de traitement. Décide avec un médecin. L’autorisation et la disponibilité varient selon les pays.

Phagothérapie Pour les infections à germes résistants, des centres spécialisés utilisent des phages de façon ciblée. Dans de nombreux pays, ce n’est pour l’instant possible qu’au cas par cas. Renseigne-toi sur les options qui existent dans ton pays. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [5]
Les phages dans la transplantation fécale Une transplantation fécale transfère aussi des phages. De premières petites études suggèrent qu’ils pourraient contribuer à son succès. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [6]
Pas de tests du virome sans question précise Il n’existe aucune méthode reconnue pour tirer un diagnostic ou un traitement des virus présents dans les selles. En cas de troubles, fais d’abord faire les examens habituels. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

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Comment nous évaluons les preuves

Indice de confiance 5 sur 5 :Établi: Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain.
Indice de confiance 4 sur 5 :Bien étayé: Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants.
Indice de confiance 3 sur 5 :Prometteur: Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes.
Indice de confiance 2 sur 5 :Plausible: Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles.
Indice de confiance 1 sur 5 :Expérimental: Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

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