Champignons dans l’intestin : ce qu’il en est de Candida

État sain

Outre les bactéries, l’intestin abrite des champignons, surtout des levures. Ils ne représentent qu’une petite part du microbiote Microbiome, microbiote intestinal La communauté de tous les microbes de l’intestin, surtout des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des archées. La plupart vivent dans le côlon. Plus dans le chapitre « Développer la diversité microbienne » en nombre, mais presque tout le monde en porte. Dans une vaste analyse de 317 échantillons de selles d’adultes en bonne santé, la levure de boulanger (Saccharomyces cerevisiae) apparaissait dans environ 97 % des échantillons, Malassezia (plutôt un champignon de la peau) dans 88 % et Candida albicans dans 81 %. Candida dans les selles est donc le cas normal, pas un signal d’alarme. Une partie des levures vient du pain, de la bière ou du yaourt et ne fait que passer.

Contrairement au microbiote bactérien, le mycobiote est peu diversifié et très instable. Chez une même personne, les échantillons prélevés sur un an peuvent différer autant que ceux de personnes différentes. C’est pourquoi on n’a pas non plus défini à quoi ressemble un mycobiote « sain ». Un seul examen de selles est un instantané et dit très peu de choses sur la santé.

Les champignons sont maintenus à un faible niveau de deux côtés. D’abord par les bactéries, surtout celles qui évitent l’oxygène comme les clostridies et Bacteroides : chez la souris, elles incitent les cellules de l’intestin à fabriquer un peptide de défense (LL-37, appelé CRAMP chez la souris) qui empêche Candida de s’installer. Les souris adultes à la flore intacte portent donc à peine du Candida, mais en portent après des antibiotiques. Ensuite par le système immunitaire de la muqueuse, qui doit distinguer si une levure ne fait que cohabiter ou envahit le tissu. Candida peut prendre deux formes. La forme levure, ronde, est inoffensive. La forme filamenteuse (hyphes) envahit le tissu et produit un peptide toxique, la candidalysine, qui abîme les cellules. Chez les personnes en bonne santé, elle reste presque toujours sous forme de levure.

L’alimentation joue aussi un rôle. Dans une étude portant sur 98 personnes, beaucoup de Candida dans les selles allait de pair avec une alimentation riche en glucides les jours précédents, et peu de Candida avec plus de protéines et de graisses. C’est une observation, pas la preuve que le sucre « nourrit » Candida et qu’un régime la chasse : cela montre plutôt la rapidité avec laquelle le mycobiote change avec l’alimentation. La même étude a trouvé le producteur de méthane Methanobrevibacter, une archée et non un champignon, chez environ 30 % des personnes, lui aussi plus souvent avec une alimentation riche en glucides.

État perturbé : causes et conséquences

Candida devient un problème quand l’équilibre bascule. Les déclencheurs les plus fréquents sont les antibiotiques (les bactéries qui la freinent manquent), la cortisone et d’autres médicaments qui atténuent le système immunitaire (la défense de la muqueuse est affaiblie), le diabète avec une glycémie élevée, la chimiothérapie et les maladies graves avec cathéter ou ventilation. Chez les patients en réanimation, Candida peut passer de l’intestin dans le sang et devenir dangereuse pour la vie. Le fait que l’intestin puisse être la porte d’entrée explique l’intérêt de la recherche pour la colonisation intestinale.

Les infections typiques se voient pourtant ailleurs : le muguet buccal avec un enduit blanc qu’on peut essuyer (surtout chez les nourrissons, les personnes âgées, les porteurs de prothèses dentaires et après une cortisone inhalée), le muguet de l’œsophage avec des douleurs à la déglutition, la mycose vaginale avec démangeaisons et pertes (plus fréquente pendant la grossesse, après des antibiotiques et en cas de diabète) et l’infection fongique des plis cutanés humides. En cas de mycoses vaginales répétées, un bilan propre est nécessaire ; que l’intestin joue un rôle ou non est en cours d’étude et reste ouvert.

Le « syndrome Candida » très répandu n’en fait pas partie. Sur internet circulent de longues listes de symptômes, de la fatigue aux ballonnements et aux problèmes de peau jusqu’aux envies de sucre. Il n’existe aucune preuve, et conclure à partir d’un résultat de selles est de toute façon faux : si quatre personnes en bonne santé sur cinq ont Candida albicans dans les selles, un résultat « positif » ne peut pas indiquer une maladie. Celui qui se ballonne après des sucreries ou du pain a bien plus souvent une intolérance à un sucre (fructose, lactose, sucres difficiles à digérer) ou un côlon irritable qu’un champignon. Les envies de sucre ont elles aussi beaucoup d’autres causes.

Il existe une exception sérieuse mais controversée : la pullulation de champignons dans l’intestin grêle (SIFO). Dans deux études, des chercheurs ont trouvé des champignons dans un prélèvement de l’intestin grêle chez environ un quart des personnes ayant des troubles digestifs inexpliqués (éructations, ballonnements, sensation de plénitude, nausées, diarrhée). Un mouvement lent de l’intestin grêle et les inhibiteurs d’acidité sont considérés comme des facteurs de risque. Que les champignons causent réellement les troubles et qu’un traitement antifongique aide reste ouvert. Cela ne se démontre pas dans les selles, seulement dans un prélèvement de l’intestin grêle lors d’une endoscopie.

Dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin Maladie inflammatoire chronique de l’intestin Terme qui regroupe la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique : des inflammations durables de l’intestin, évoluant par poussées, qui doivent être traitées médicalement. Plus dans le chapitre « Système immunitaire et inflammation », le mycobiote apparaît décalé. Dans une étude portant sur 235 patients et 38 personnes en bonne santé, la part de Candida albicans était plus élevée et celle de la levure de boulanger plus basse, et l’interaction entre bactéries et champignons était perturbée. Dans la maladie de Crohn, on connaît en outre des anticorps dirigés contre les levures, qui servent de marqueur de laboratoire. Que les champignons contribuent à l’inflammation ou profitent simplement de la muqueuse enflammée n’est pas élucidé. Un régime ou un traitement antifongique n’est donc pas étayé pour ces maladies.