Pathogènes opportunistes

Des germes toujours présents qui ne deviennent un problème que lorsque l’équilibre bascule.

Quelle est la solidité de la recherche ? Prometteur

Que les entérobactéries augmentent fortement lors d’une inflammation intestinale est bien observé chez l’humain. Qu’elles soient cause ou conséquence a surtout été étudié chez l’animal.

Cause ou conséquence ? Plutôt une conséquence

Les germes opportunistes poussent quand de la place se libère – après des antibiotiques ou sans acide gastrique. Ils sont une conséquence, mais causent eux-mêmes des troubles.

État sain

Un intestin sain héberge aussi des germes capables de provoquer des maladies, comme certaines Escherichia coli, Klebsiella, les entérocoques ou Clostridioides difficile Une bactérie qui peut se répandre après des antibiotiques et provoquer une diarrhée sévère par ses toxines. Plus dans le chapitre « Après les antibiotiques : C. difficile et la transplantation fécale ». Les spécialistes les appellent pathobiontes ou pathogènes opportunistes : ils saisissent l’occasion lorsque l’équilibre bascule. La différence entre colonisation et infection est importante. Un germe peut rester dans l’intestin des mois ou des années sans nuire. Il ne devient un problème que lorsqu’il se multiplie fortement, produit des toxines ou atteint un endroit où il n’a rien à faire, comme les voies urinaires ou le sang.

Le corps les maintient petits à plusieurs niveaux, de haut en bas. La salive contient des substances de défense. L’acide gastrique (pH 1 à 3) tue une grande partie des germes avalés. La bile et les sucs digestifs du pancréas freinent la croissance bactérienne dans l’intestin grêle. La « vague de nettoyage » entre les repas (terme technique : Complexe moteur migrant Une vague de contractions qui, à jeun, vide l’estomac et l’intestin grêle toutes les heures et demie à deux heures. Manger l’interrompt. Plus dans le chapitre « Jeûne intermittent et horaires des repas : 16:8, 5:2 et Ramadan ») pousse les restes et les germes vers le côlon. Et le muscle de fermeture entre l’intestin grêle et le côlon, la valvule iléo-cæcale, retient la flore dense du côlon.

À la paroi intestinale vient la couche de protection suivante. La paroi est recouverte de mucus, dont la couche interne est presque stérile chez les personnes en bonne santé. Des cellules spécialisées des cryptes (cellules de Paneth) libèrent des substances de défense qui perforent les bactéries. L’ IgA (IgA sécrétoires) Anticorps des muqueuses. Il est libéré en grande quantité dans l’intestin et y retient les germes dans le mucus, sans déclencher d’inflammation. Plus dans le chapitre « IgA : l’anticorps qui garde l’intestin propre, et le rôle des vitamines A et D et des oméga-3 » sécrétoire, un anticorps du mucus intestinal, lie les germes et les tient à distance de la paroi. Les cellules elles-mêmes sont étroitement scellées par des Jonctions serrées Des liaisons protéiques qui maintiennent les cellules de la paroi intestinale bien serrées. Elles déterminent ce qui passe entre les cellules. Plus dans le chapitre « La barrière intestinale » (tight junctions). Tant que les pathobiontes restent en bordure, le système immunitaire les tolère le plus souvent.

S’y ajoute la concurrence dans le côlon lui-même. Les pathobiontes restent petits parce que les bactéries bénéfiques leur disputent nourriture et place. De plus, le côlon est presque dépourvu d’oxygène, ce qui favorise les bactéries intestinales spécialisées.

Cette concurrence s’appelle la résistance à la colonisation. Elle comprend la lutte pour la nourriture et la place, des substances inhibitrices que les bactéries produisent les unes contre les autres (bactériocines), des Acides gras à chaîne courte Des acides comme l’acétate, le propionate et le butyrate, que les bactéries produisent à partir des fibres. Ils nourrissent la paroi intestinale et agissent dans tout le corps. Plus dans le chapitre « Le butyrate et les autres acides gras à chaîne courte » qui maintiennent le milieu légèrement acide et des Acides biliaires Des substances produites par le foie pour rendre les graisses digestes. Environ 95 pour cent sont récupérés dans la dernière partie de l’intestin grêle ; les bactéries transforment le reste. Plus dans le chapitre « Acides biliaires : quand la bile donne la diarrhée » transformés. Un Microbiome, microbiote intestinal La communauté de tous les microbes de l’intestin, surtout des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des archées. La plupart vivent dans le côlon. Plus dans le chapitre « Développer la diversité microbienne » dense et diversifié ne laisse ainsi aucune niche aux intrus.

Les bactéries utiles maintiennent l'intestin pauvre en oxygène. Les pathobiontes restent rares.

État perturbé : causes et conséquences

Les antibiotiques, les infections et l’inflammation affaiblissent les bactéries bénéfiques productrices de Butyrate Un acide gras à chaîne courte et la principale source d’énergie des cellules de la paroi du côlon. Il renforce la barrière et freine l’inflammation. Plus dans le chapitre « Le butyrate et les autres acides gras à chaîne courte ». Moins de butyrate signifie que les cellules intestinales laissent plus d’oxygène inutilisé et qu’il se forme plus de nitrate. Que les antibiotiques ouvrent ainsi la voie à certains germes a été montré dans des expériences sur la souris : quand les productrices de butyrate manquaient, l’oxygène augmentait à la paroi intestinale et Salmonella se multipliait ; avec un précurseur de butyrate apporté, le manque d’oxygène revenait et la freinait.

Les entérobactéries comme E. coli et Klebsiella en profitent justement : elles peuvent utiliser l’oxygène et le nitrate et se multiplient fortement. On l’observe régulièrement lors des poussées de Maladie inflammatoire chronique de l’intestin Terme qui regroupe la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique : des inflammations durables de l’intestin, évoluant par poussées, qui doivent être traitées médicalement. Plus dans le chapitre « Système immunitaire et inflammation ». Un cercle vicieux s’installe : l’inflammation favorise les pathobiontes, et ceux-ci renforcent l’inflammation. Savoir si une hausse des entérobactéries est cause ou conséquence de l’inflammation est difficile à démêler chez l’humain.

Il existe d’autres déclencheurs. Les antibiotiques sont le plus important : ils éclaircissent aussi les concurrents. Les inhibiteurs d’acidité laissent arriver vivants dans l’intestin plus de germes avalés, y compris venant de la bouche, et réduisent la diversité. Si la vague de nettoyage est trop faible ou si la bile manque, des germes peuvent proliférer dans l’intestin grêle (voir le chapitre sur la Pullulation bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) Trop de bactéries dans l’intestin grêle, où peu vivent normalement. Ballonnements et diarrhée sont typiques ; on la diagnostique en général par un test respiratoire. Plus dans le chapitre « Quand l’intestin grêle est trop colonisé » de l’intestin grêle). Une alimentation pauvre en fibres joue aussi un rôle : quand les bactéries manquent de nourriture, certaines se tournent vers le mucus intestinal. Avec l’âge, la diversité baisse et le système immunitaire travaille moins précisément. Hospitalisations, opérations, chimiothérapie et immunodépression font pencher encore la balance.

Comment les pathobiontes rendent-ils malade ? Ils produisent des toxines, déclenchent une inflammation, abîment la Couche de mucus Une couche de gel faite de mucines sur la paroi intestinale, qui tient les bactéries à distance. Dans le côlon, la couche interne est presque dépourvue de germes. Plus dans le chapitre « La couche de mucus et les additifs », fermentent les aliments en gaz ou traversent la paroi. Dans la maladie de Crohn, certaines souches adhérentes d’E. coli sont plus fréquentes. L’intestin est aussi le réservoir de nombreuses infections hors de l’intestin : la plupart des infections urinaires sont causées par E. coli venant de l’intestin de la personne. Des germes hospitaliers multirésistants peuvent rester des mois dans l’intestin sans qu’on le remarque. Ils sont dangereux surtout lors d’opérations ou en cas d’immunodépression.

Pour relativiser : une mention de « Klebsiella élevée » ou de « trop peu d’E. coli » dans un test de selles dit peu à lui seul. Les valeurs fluctuent fortement, les plages de référence sont hétérogènes et beaucoup de personnes sont colonisées sans être malades. Ce qui compte, ce sont les symptômes, l’évolution et la question de ce qui a favorisé le germe. Le plus souvent, le pathobionte est la conséquence d’un milieu perturbé plus que la racine du problème. Il peut néanmoins aggraver les troubles.

Moins de butyrate : l'oxygène et le nitrate entrent dans l'intestin, les entérobactéries se multiplient.

D’où cela vient et où cela mène

Les mêmes symptômes peuvent avoir des racines différentes. Cette carte montre ce qui peut être en cause dans ce problème et ce qui peut en découler.

Causes possibles
Ce problème
Conséquences possibles

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Des liens, pas des certitudes : un lien veut dire « peut », pas « doit ». Pour savoir ce qui s’applique à toi, parles-en avec ton médecin.

Ce qui aide souvent

Mode de vie

Alimentation, activité physique, sommeil, liens sociaux et gestion du stress.

Des fibres pour les producteurs de butyrate Elles renforcent les bactéries qui maintiennent l’intestin pauvre en oxygène. Dans une étude chez la souris, une alimentation riche en fibres a empêché la propagation de Klebsiella. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [1][2]
Développer la diversité Un microbiote diversifié laisse moins de niches libres. Plus d’informations dans le chapitre sur la diversité microbienne. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [3]
Hygiène en cuisine Manipule avec soin la volaille crue et les œufs, cuis bien la viande, sépare les planches à découper et refroidis vite les restes pour éviter les infections à Salmonella ou Campylobacter, qui peuvent perturber l’équilibre. En voyage : eau sûre, aliments cuits plutôt que crudités de provenance incertaine. Bien étayé Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.
Des pauses entre les repas La vague de nettoyage de l’intestin grêle ne se déclenche que lorsqu’on ne mange rien pendant un moment. Qui grignote en permanence lui laisse peu de temps. Trois à quatre repas avec des pauses sont un début en douceur pour beaucoup de personnes. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

Compléments naturels

Les compléments ne remplacent pas un bilan médical. Parle du dosage et des interactions avec ton médecin ou ton pharmacien.

Saccharomyces boulardii pendant les antibiotiques Dans des méta-analyses, cette levure probiotique réduit environ de moitié le risque de diarrhée pendant un traitement antibiotique. Contre C. difficile, une méta-analyse n’a trouvé une protection nette que chez l’enfant ; la société savante américaine la propose néanmoins aussi aux adultes à haut risque, avec une recommandation faible. Pas en cas de cathéter veineux, de maladie grave ou de forte immunodépression : la levure peut alors, rarement, passer dans le sang. Bien étayé Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [4][5][6]
Antimicrobiens végétaux L’huile d’origan, la berbérine et des produits similaires sont souvent utilisés contre la « dysbiose ». Il n’existe guère d’études chez l’humain sur des pathobiontes précis. Ils n’agissent pas de façon sélective et touchent aussi les bactéries bénéfiques. Expérimental Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.
Du fer seulement en cas de carence prouvée Beaucoup de germes intestinaux ont besoin de fer pour se développer, et une partie du fer ingéré reste inutilisée dans l’intestin. Des indices suggèrent que de fortes doses de fer peuvent favoriser des bactéries défavorables. Prends donc du fer non pas par précaution, mais sur la base d’analyses de sang et après avis médical. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

Traitements médicaux

Information, pas une recommandation de traitement. Décide avec un médecin. L’autorisation et la disponibilité varient selon les pays.

Antiacides seulement aussi longtemps que nécessaire Les inhibiteurs de la pompe à protons réduisent la diversité du microbiote. Qu’ils augmentent le risque de C. difficile est discuté : les études observationnelles disent oui. Dans le plus grand essai randomisé, il y a eu environ deux fois plus de cas sous pantoprazole, mais avec seulement 13 cas au total, on ne pouvait pas l’attribuer avec certitude à autre chose que le hasard, et une analyse de tous les essais randomisés n’a pas trouvé de différence nette. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [7][8]
Analyse de selles en cas de suspicion En cas de diarrhée persistante, fais rechercher des germes précis. Les « tests de dysbiose » commerciaux sans question médicale apportent peu. Bien étayé Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.
Des antibiotiques ciblés et courts Si un antibiotique est nécessaire : aussi étroit que possible et aussi court que nécessaire. Ils ne servent à rien contre les infections virales. Demande si un médicament à spectre plus étroit est possible. Bien étayé Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.
Signaler une colonisation par des germes hospitaliers Si tu sais que tu portes des germes multirésistants dans l’intestin, dis-le avant les opérations et les hospitalisations. On pourra alors choisir des mesures de précaution et des antibiotiques adaptés. Au quotidien, la colonisation n’a le plus souvent pas de conséquences chez les personnes en bonne santé. Bien étayé Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

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Comment nous évaluons les preuves

Indice de confiance 5 sur 5 :Établi: Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain.
Indice de confiance 4 sur 5 :Bien étayé: Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants.
Indice de confiance 3 sur 5 :Prometteur: Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes.
Indice de confiance 2 sur 5 :Plausible: Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles.
Indice de confiance 1 sur 5 :Expérimental: Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

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