Nourrir les bactéries clés

Quels aliments favorisent Faecalibacterium, Ruminococcus bromii, Lachnospira et Akkermansia, à quel point c'est démontré chez l'humain et pourquoi cela ne marche pas pareil chez tout le monde.

Quelle est la solidité de la recherche ? Prometteur

De petites études randomisées chez l'humain montrent que certaines fibres augmentent certaines espèces clés, par exemple l'inuline et Faecalibacterium, ou l'amidon résistant et Ruminococcus bromii. Que cela suffise à soulager des troubles ou à protéger de maladies est à peine étudié. Pour la pectine, les résultats sur la flore intestinale viennent jusqu'ici d'expériences en laboratoire et d'une étude animale.

État sain

Le chapitre sur les bactéries intestinales Anaérobies Bactéries qui vivent sans oxygène. Pour les anaérobies strictes, l’oxygène est même toxique ; elles représentent la grande majorité de la flore intestinale. Plus dans le chapitre « Bactéries intestinales anaérobies : pourquoi les bonnes ne tiennent pas dans une gélule » explique qui sont les espèces clés qui fuient l'oxygène et pourquoi on ne peut guère les avaler en gélule. Ici, il s'agit de l'autre côté : ce qu'elles mangent. Chaque espèce a sa propre boîte à outils d'enzymes et ne peut casser que certaines chaînes de sucres. Le travail est réparti comme dans une cuisine : des spécialistes cassent les fibres dures, d'autres utilisent les fragments, et à la fin les producteurs de Butyrate Un acide gras à chaîne courte et la principale source d’énergie des cellules de la paroi du côlon. Il renforce la barrière et freine l’inflammation. Plus dans le chapitre « Le butyrate et les autres acides gras à chaîne courte » transforment des produits intermédiaires comme l'acétate et le lactate en butyrate. Pour favoriser une espèce précise, il faut donc savoir où elle se situe dans cette chaîne.

Faecalibacterium prausnitzii est la vedette des producteurs de butyrate. En laboratoire, presque toutes les souches testées ont bien poussé sur la pectine de pomme et se sont imposées face à d'autres utilisateurs de pectine. Il utilise aussi l'acétate que les bifidobactéries fabriquent à partir des fructanes. Chez l'humain, c'est l'inuline qui le montre le mieux : 10 g d'inuline par jour ont augmenté Faecalibacterium dans une petite étude de 12 personnes, et 16 g d'un mélange d'inuline et d'oligofructose pendant trois mois chez 30 femmes en surpoids, en même temps que les bifidobactéries. Les conditions légèrement acides créées par la fermentation lui conviennent : en laboratoire, il a supplanté Bacteroides à un pH de 5,5. Il supporte mal, en revanche, les Acides biliaires Des substances produites par le foie pour rendre les graisses digestes. Environ 95 pour cent sont récupérés dans la dernière partie de l’intestin grêle ; les bactéries transforment le reste. Plus dans le chapitre « Acides biliaires : quand la bile donne la diarrhée ».

La pectine est l'exemple le plus net d'une alimentation ciblée. Dans des fermenteurs contenant la flore fécale de trois personnes, la pectine de pomme a surtout favorisé Lachnospira eligens, une bactérie qui ne réagit presque qu'à la pectine, tandis que l'inuline a stimulé plusieurs autres espèces. La diversité est restée plus élevée avec la pectine. Les chercheurs soulignent que ces effets n'apparaissent qu'au niveau d'espèces et de souches précises et qu'ils sont difficiles à prévoir. Chez le rat, la pectine de pomme a accéléré le rétablissement de la Microbiome, microbiote intestinal La communauté de tous les microbes de l’intestin, surtout des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des archées. La plupart vivent dans le côlon. Plus dans le chapitre « Développer la diversité microbienne » après une forte cure d'antibiotiques : les Lachnospiraceae, qui fuient l'oxygène, sont revenues plus vite et les entérobactéries ont reculé plus vite. Chez l'humain, l'effet de la pectine sur la flore intestinale n'a pas encore été testé dans des études. Quelles pectines existent et à quelle vitesse elles sont fermentées est expliqué dans le chapitre sur les Prébiotiques Composants alimentaires, le plus souvent certaines fibres, qui nourrissent de façon ciblée des bactéries utiles, comme l’inuline ou les GOS. Plus dans le chapitre « Des prébiotiques qui reconstruisent en douceur » au-delà de l'inuline.

L'amidon résistant a son propre ouvre-porte : Ruminococcus bromii. En laboratoire, parmi quatre grands utilisateurs d'amidon, c'est surtout lui qui a pu ouvrir les grains d'amidon résistants, et ce n'est qu'avec lui que les autres ont eu accès à la nourriture. Les selles d'une personne sans R. bromii ont à peine fermenté l'amidon cuit puis refroidi, jusqu'à ce qu'on l'ajoute. Les spécialistes parlent d'espèce clé. Dans une étude alimentaire contrôlée chez 14 hommes, la part de ses proches est montée en moyenne à 17 pour cent avec une alimentation riche en amidon, contre un peu moins de 4 pour cent avec d'autres fibres. Eubacterium rectale (aujourd'hui Agathobacter rectalis), un producteur de butyrate, a aussi augmenté. Même de petites différences dans la structure de l'amidon comptent : l'amidon résistant naturel a favorisé R. bromii et E. rectale, l'amidon modifié chimiquement plutôt les bifidobactéries et Parabacteroides. Dans une autre étude, ces détails ont décidé s'il se formait plus de butyrate ou plus de propionate ; au-delà d'environ 35 g par jour, il n'y avait pas d'effet supplémentaire.

Deux groupes travaillent en coulisse. Anaerobutyricum hallii (anciennement Eubacterium hallii) et Anaerostipes utilisent le lactate libéré par les bifidobactéries et les bactéries lactiques et le transforment en butyrate. Faecalibacterium, Roseburia et Eubacterium rectale en sont à peine capables. Les utilisateurs de lactate sont donc un maillon important pour que le lactate ne s'accumule pas. Akkermansia Une bactérie intestinale qui vit du mucus de la paroi et en stimule le renouvellement. Dans les études, une forte présence va souvent de pair avec un bon métabolisme. Plus dans le chapitre « La couche de mucus et les additifs », de son côté, vit surtout du mucus de la paroi intestinale, pas des fibres. On la favorise plutôt indirectement : dans la moitié des études d'une Méta-analyse Une analyse qui combine les résultats de plusieurs études. Elle ne vaut que ce que valent les études qu’elle inclut. sur les polyphénols des baies, du cacao, du thé et du café, Akkermansia a augmenté. L'antidiabétique metformine est lui aussi associé à davantage d'Akkermansia.

Chaque espèce clé a sa propre nourriture : l'amidon pour Ruminococcus bromii, la pectine pour Lachnospira, l'inuline pour les bifidobactéries. Faecalibacterium profite de la pectine et des bifidobactéries, et à la fin se forme du butyrate.

État perturbé : causes et conséquences

La même alimentation ne marche pas pareil chez tout le monde. Dans l'étude alimentaire chez 14 hommes, les échantillons différaient davantage selon la personne que selon l'alimentation, même si certains groupes se sont vite multipliés après un changement de régime. Chez 174 adultes, l'amidon résistant de pomme de terre a augmenté le butyrate surtout chez ceux qui avaient déjà des producteurs de butyrate adaptés. S'il manque une espèce clé comme Ruminococcus bromii, sa nourriture reste en grande partie inutilisée. Ne pas réagir à un prébiotique ne veut donc pas forcément dire qu'on a mal fait ; il manque peut-être simplement les bonnes bactéries.

Les espèces clés peuvent disparaître. Moins de glucides ont réduit le butyrate et les producteurs de butyrate dans les selles dans une étude de 19 personnes. Chez des souris à flore intestinale humaine, une alimentation pauvre en fibres a fait disparaître des espèces au fil des générations, et le retour des fibres ne les a pas ramenées. Après des antibiotiques, c'est semblable ; plus de détails dans le chapitre sur la diversité microbienne. Une fibre ne peut nourrir que ceux qui sont encore là.

Plus de fibres ne veut pas dire automatiquement plus de diversité. Dans une Essai randomisé Une étude dans laquelle le hasard décide qui reçoit le traitement et qui ne le reçoit pas, pour comparer. Les résultats sont ainsi particulièrement fiables. chez 36 adultes en bonne santé, une alimentation riche en fibres a donné à la flore intestinale davantage d'enzymes pour dégrader les fibres, mais la diversité n'a pas augmenté, et la réaction du système immunitaire dépendait de la diversité au départ. Dans la même étude, les aliments fermentés ont augmenté la diversité. Pour favoriser ses espèces clés, il faut sans doute les deux : la bonne nourriture et assez d'espèces différentes pour l'utiliser.

Plus d'une espèce est un résultat intermédiaire, pas encore un bénéfice. Dans une étude de population belge, les personnes ayant beaucoup de Faecalibacterium et de Coprococcus jugeaient leur qualité de vie meilleure, et Coprococcus était plus rare en cas de dépression. Les personnes ayant beaucoup d'Akkermansia avaient des valeurs métaboliques plus saines avant une réduction calorique et en ont davantage profité. Ce sont des associations, pas des preuves que les bactéries en sont la cause. Qu'il soit utile d'augmenter ces espèces volontairement a été à peine vérifié. Un produit à base de kiwi a fait passer Faecalibacterium de 3,4 à 7 pour cent chez neuf personnes constipées ; il s'agissait d'un produit commercial testé sur un très petit groupe.

Et une alimentation ciblée peut provoquer des troubles. L'inuline et l'oligofructose comptent parmi les FODMAP Sigle désignant des sucres et des polyols fermentescibles mal absorbés dans l’intestin grêle, comme les fructanes, le lactose, le fructose et le sorbitol. Plus dans le chapitre « Bien suivre le régime pauvre en FODMAP » et ballonnent souvent un intestin sensible ; la pectine et l'amidon résistant sont en général fermentés plus lentement. Comment introduire les fibres progressivement est expliqué dans le chapitre sur les prébiotiques en douceur. Dans la maladie de Crohn avec des rétrécissements de l'intestin, les fibres grossières peuvent poser problème.

S'il manque l'espèce clé, sa nourriture reste inutilisée : sans Ruminococcus bromii, l'amidon résistant ne devient guère du butyrate.

Ce qui aide souvent

Mode de vie

Alimentation, activité physique, sommeil, liens sociaux et gestion du stress.

Une nourriture pour chaque espèce clé Les pommes de terre et le riz refroidis ainsi que les légumineuses apportent de l'amidon résistant pour Ruminococcus bromii. Les pommes, les carottes et les agrumes apportent de la pectine pour Lachnospira et Faecalibacterium. L'oignon, le poireau, la chicorée et le topinambour apportent de l'inuline pour les bifidobactéries, dont Faecalibacterium profite. Les baies, le cacao et le thé apportent des polyphénols, associés à davantage d'Akkermansia. Alterner sur la semaine est plus simple que tout manger chaque jour. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [1][2][3][4]
Pas de régime pauvre en fibres à long terme Les régimes pauvres en glucides, cétogènes ou d'éviction stricts privent les espèces clés de nourriture. Moins de glucides ont réduit le butyrate et les producteurs de butyrate dans une étude, et chez la souris des espèces ont même disparu durablement au fil des générations. Si tu manges ainsi pour d'autres raisons, prévois des sources fixes de fibres, comme des légumes, des noix, des graines et des baies. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [5][6]
Après des antibiotiques : d'abord la nourriture, puis les gélules Après une cure d'antibiotiques, les espèces qui fuient l'oxygène doivent revenir. Chez le rat, la pectine de pomme a accéléré ce retour, alors qu'un probiotique l'a retardé dans une étude chez l'humain. Une alimentation variée et riche en fibres dans les semaines qui suivent est donc une voie raisonnable, même si les études chez l'humain manquent. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [7][8]

Compléments naturels

Les compléments ne remplacent pas un bilan médical. Parle du dosage et des interactions avec ton médecin ou ton pharmacien.

Inuline ou oligofructose, à petite dose Ce qui est le mieux démontré chez l'humain pour augmenter les bifidobactéries et Faecalibacterium : dans deux petites études, 10 g d'inuline ou 16 g d'un mélange par jour ont suffi. Les deux comptent parmi les FODMAP et ballonnent souvent un intestin sensible. Commencer par 2 à 3 g et augmenter lentement ; en cas d'intestin irritable, préférer des fibres fermentées plus lentement. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [2][9]
La pectine, une nourriture ciblée En laboratoire et chez le rat, la pectine de pomme a favorisé de façon ciblée des producteurs de butyrate qui fuient l'oxygène, comme Lachnospira et Faecalibacterium. Que cela se passe de même chez l'humain n'a pas encore été testé dans des études. Pour l'intestin irritable avec diarrhée, il existe une première étude randomisée avec 24 g par jour. Si tu essaies, commence petit et bois suffisamment. Plausible Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [3][10][7][11]
L'amidon résistant de pomme de terre a besoin de son ouvre-porte La fécule de pomme de terre crue, mélangée à un plat froid, apporte de l'amidon résistant pour Ruminococcus bromii et a le plus augmenté le butyrate dans une grande étude. La chauffer la rend de nouveau digestible. Si tu n'as pas les bonnes bactéries, tu remarqueras peu de chose ; une autre fibre vaut alors mieux. Commencer petit, sinon cela ballonne. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [12][1][13]

Traitements médicaux

Information, pas une recommandation de traitement. Décide avec un médecin. L’autorisation et la disponibilité varient selon les pays.

La metformine n'est pas faite pour la flore intestinale La metformine est associée à davantage d'Akkermansia, mais c'est un médicament du diabète. Elle peut provoquer diarrhée et nausées et, à long terme, un manque de vitamine B12. Sans diabète ni ordonnance, ce n'est pas un moyen de cultiver des bactéries intestinales. Si tu en prends, fais contrôler ta vitamine B12 régulièrement. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [14][15]
Crohn avec rétrécissements : parler des fibres Quand l'intestin est rétréci, les aliments grossiers et fibreux peuvent provoquer des troubles ou rester bloqués. La recommandation européenne de nutrition conseille alors une alimentation molle et adaptée plutôt que de supprimer les fibres en bloc. Si tu as une maladie de Crohn, parle d'abord des nouvelles fibres et poudres avec ton équipe soignante. Prometteur Comment nous évaluons les preuves Établi Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain. Bien étayé Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants. Prometteur Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes. Plausible Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles. Expérimental Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte. [16]

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Comment nous évaluons les preuves

Indice de confiance 5 sur 5 :Établi: Recommandé dans les recommandations médicales ou soutenu par plusieurs méta-analyses concordantes d’études randomisées chez l’humain.
Indice de confiance 4 sur 5 :Bien étayé: Plusieurs études randomisées chez l’humain aux résultats largement concordants.
Indice de confiance 3 sur 5 :Prometteur: Quelques études randomisées ou contrôlées chez l’humain, pas encore confirmées de façon indépendante – ou de nombreuses études observationnelles convergentes.
Indice de confiance 2 sur 5 :Plausible: Deux cas : premières études observationnelles ou pilotes avec de petits effectifs – ou une base établie et non contestée, comme le mouvement, le sommeil ou les pauses entre les repas. Mais non testé chez l’humain pour les troubles.
Indice de confiance 1 sur 5 :Expérimental: Très peu étudié chez l’humain. Surtout des études en laboratoire et sur l’animal ou des réflexions théoriques ; l’utilité reste ouverte.

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