Développer la diversité microbienne

État sain

Un intestin sain abrite des centaines d’espèces de bactéries. Beaucoup remplissent des fonctions semblables. Si l’une disparaît, une autre prend le relais, un peu comme dans une forêt riche en espèces. Cette redondance rend l’écosystème résistant aux perturbations comme les infections, les voyages ou un changement d’alimentation. Les spécialistes parlent de résilience : après une perturbation, le système revient à son état de départ. Plus il y a d’espèces aux capacités qui se recoupent, plus c’est probable.

Quand on parle de « diversité », il s’agit de deux choses. Le nombre d’espèces (richesse) dit combien d’espèces différentes sont présentes. L’équitabilité dit si les parts sont réparties de façon similaire ou si une espèce domine tout. Les études résument souvent les deux en un seul chiffre, qui ne renseigne que grossièrement sur la santé. Ce qui compte est en général moins le chiffre lui-même que la question de savoir si les tâches importantes sont couvertes : décomposer les fibres, former du butyrate Butyrate Un acide gras à chaîne courte et la principale source d’énergie des cellules de la paroi du côlon. Il renforce la barrière et freine l’inflammation. Plus dans le chapitre « Le butyrate et les autres acides gras à chaîne courte », transformer les acides biliaires Acides biliaires Des substances produites par le foie pour rendre les graisses digestes. Environ 95 pour cent sont récupérés dans la dernière partie de l’intestin grêle ; les bactéries transforment le reste. Plus dans le chapitre « Acides biliaires : quand la bile donne la diarrhée », utiliser le mucus avec modération.

Les espèces sont étroitement imbriquées. Les bifidobactéries, par exemple, décomposent des fibres comme l’inuline et libèrent de l’acétate et du lactate. Des producteurs de butyrate comme Faecalibacterium prausnitzii utilisent ces produits intermédiaires et en font du butyrate, qui nourrit les cellules intestinales. Les spécialistes appellent cela l’alimentation croisée (cross-feeding). Si un maillon manque, c’est toute la chaîne qui en souffre.

La diversité ne concerne pas que les bactéries. L’intestin abrite aussi des archées (comme les productrices de méthane), des virus, surtout des bactériophages Bactériophages Des virus qui n’infectent que les bactéries. Dans l’intestin, il y a probablement autant de phages que de bactéries, peut-être plus, et ils influencent quelles bactéries s’imposent. Plus dans le chapitre « Les bactériophages : les chasseurs de l’intestin » qui infectent les bactéries et contribuent à réguler leur nombre, et des champignons. La communauté fongique des personnes saines est peu diverse et dominée par des levures comme Saccharomyces, Malassezia et Candida ; elle varie fortement d’une personne à l’autre. L’importance de ces groupes pour la diversité globale est encore à l’étude ; ce qui est sûr, c’est qu’ils interagissent avec les bactéries.

La diversité ne se forme pas partout de la même façon. Dans l’estomac et l’intestin grêle, il y a peu de germes par millilitre, car l’acide gastrique, la bile, les enzymes digestives et la vague de nettoyage entre les repas (le complexe moteur migrant Complexe moteur migrant Une vague de contractions qui, à jeun, vide l’estomac et l’intestin grêle toutes les heures et demie à deux heures. Manger l’interrompt. Plus dans le chapitre « Jeûne intermittent et horaires des repas : 16:8, 5:2 et Ramadan ») les maintiennent bas. La grande diversité appartient au côlon, où le contenu avance lentement et où les fibres arrivent comme nourriture. La couche de mucus Couche de mucus Une couche de gel faite de mucines sur la paroi intestinale, qui tient les bactéries à distance. Dans le côlon, la couche interne est presque dépourvue de germes. Plus dans le chapitre « La couche de mucus et les additifs » et le système immunitaire y participent aussi : l’IgA IgA (IgA sécrétoires) Anticorps des muqueuses. Il est libéré en grande quantité dans l’intestin et y retient les germes dans le mucus, sans déclencher d’inflammation. Plus dans le chapitre « IgA : l’anticorps qui garde l’intestin propre, et le rôle des vitamines A et D et des oméga-3 » sécrétoire et la muqueuse aident à décider qui peut s’installer durablement. La diversité dans les selles est donc le résultat de tout un parcours digestif, pas seulement des bactéries.

État perturbé : causes et conséquences

Dans les pays industrialisés, la diversité du microbiote Microbiome, microbiote intestinal La communauté de tous les microbes de l’intestin, surtout des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des archées. La plupart vivent dans le côlon. est plus faible que chez les personnes vivant de façon traditionnelle. On en voit les causes dans l’alimentation pauvre en fibres, les antibiotiques fréquents et les aliments très transformés. Une expérience sur des souris montre que le manque de fibres seul peut beaucoup : avec une nourriture pauvre en fibres, des souris portant un microbiote humain ont perdu de plus en plus d’espèces au fil des générations, et celles-ci ne sont pas revenues par les fibres seules. Elles manquaient simplement dans la population et devaient aussi être réintroduites. Cela ne se transpose pas tel quel à l’humain, mais cela explique pourquoi la diversité est difficile à « renourrir ».

Après un traitement antibiotique, certaines espèces ne reviennent pas. Chez trois personnes ayant pris deux fois de la ciprofloxacine, la diversité a nettement chuté en quelques jours et, dans les semaines suivantes, elle ne s’est le plus souvent rétablie qu’en partie ; chaque personne a réagi différemment. Une faible diversité va de pair avec le surpoids, les maladies inflammatoires de l’intestin et une sensibilité aux infections, même si cause et effet ne peuvent souvent pas être clairement séparés.

Les médicaments autres que les antibiotiques jouent aussi un rôle : environ un médicament non antibiotique testé sur quatre a freiné en laboratoire la croissance d’au moins une espèce de bactérie intestinale. Les inhibiteurs d’acidité laissent davantage de bactéries de la bouche gagner des segments plus profonds et, dans une étude, ont réduit la diversité dès quatre semaines. Les édulcorants, les émulsifiants Émulsifiants Des additifs qui mélangent graisse et eau, comme la carboxyméthylcellulose ou le polysorbate 80. Certains abîment la couche de mucus dans les études. Plus dans le chapitre « La couche de mucus et les additifs » et les toxines de moisissures ont leurs propres chapitres.

Certaines tâches ne sont maîtrisées que par quelques spécialistes, comme la transformation des acides biliaires par certains clostridies. S’ils disparaissent, la fonction manque, même si le nombre total de bactéries est redevenu normal. La diversité est donc aussi une assurance pour des capacités rares.

Une réserve importante : plus de diversité n’est pas toujours mieux. Avec un transit intestinal lent, c’est-à-dire des selles dures et rares, on mesure souvent un plus grand nombre d’espèces, mais la fermentation se déplace des glucides vers les protéines et davantage de produits de dégradation des protéines apparaissent dans l’urine. Une diversité élevée avec constipation n’est donc pas un signe de santé. Un test de selles qui ne rapporte qu’un chiffre de diversité ne t’apprend pas grand-chose non plus. Les symptômes, le rythme des selles et ce que tu manges sont plus informatifs.

Les différences entre personnes sont grandes. Les enfants construisent leur microbiote durant les premières années ; les personnes âgées perdent souvent des espèces, en partie parce qu’elles mangent moins varié. Une année de régime méditerranéen a déplacé le microbiote de personnes de 65 à 79 ans vers des espèces associées à moins de fragilité.