Le premier microbiome : naissance, allaitement, antibiotiques et ce qu’il en reste

État sain

Dans l’utérus, selon les connaissances actuelles, l’intestin de l’enfant est pratiquement stérile. À la naissance et dans les jours qui suivent, les bactéries s’installent : venant de la mère, de l’environnement et de toutes les personnes qui prennent l’enfant dans leurs bras. Une étude qui a suivi 25 mères et leurs bébés pendant quatre mois a montré que les bactéries de la peau et du vagin de la mère ne s’installent que temporairement. Ce sont surtout des souches de l’intestin de la mère, transmises lors d’un accouchement par voie basse, qui restent durablement.

Le lait maternel contient une particularité : bien plus d’une centaine de chaînes de sucres différentes, les oligosaccharides du lait maternel (HMO), que le bébé ne peut pas digérer lui-même. Ils servent de nourriture à certaines bifidobactéries, notamment Bifidobacterium infantis. Ces bactéries les fermentent en substances qui acidifient légèrement l’intestin, éloignent les agents pathogènes et apaisent le système immunitaire. Le lait maternel nourrit donc précisément les bactéries dont le bébé a besoin.

Le microbiote Microbiome, microbiote intestinal La communauté de tous les microbes de l’intestin, surtout des bactéries, mais aussi des virus, des champignons et des archées. La plupart vivent dans le côlon. Plus dans le chapitre « Développer la diversité microbienne » mûrit par étapes. Une grande étude portant sur 903 enfants d’Europe et des États-Unis et plus de 12 000 échantillons de selles a trouvé trois phases : développement jusqu’au 14e mois environ, transition jusqu’au 30e mois environ, puis une phase stable proche du microbiote adulte. Le facteur le plus influent était que l’enfant reçoive ou non du lait maternel. Avec le sevrage et l’alimentation solide, le microbiote mûrissait plus vite. Les frères et sœurs et les animaux du foyer laissaient aussi des traces.

Pendant cette période, le système immunitaire apprend à distinguer l’ami de l’ennemi. Il apprend à tolérer les bactéries inoffensives, les aliments et les pollens et à combattre les vrais agents pathogènes. Les études suggèrent que cette phase d’apprentissage précoce influence la sensibilité ultérieure aux allergies, à l’asthme et à d’autres maladies inflammatoires.

État perturbé : causes et conséquences

Lors d’une césarienne, le contact avec le microbiote intestinal de la mère pendant l’accouchement manque. Dans une étude britannique portant sur 596 bébés, les souches de Bacteroides de la mère manquaient souvent après une césarienne. À la place, des germes hospitaliers comme Enterococcus, Enterobacter et Klebsiella s’installaient plus souvent, certains résistants aux antibiotiques. On observait la même chose, en moins marqué, chez des bébés nés par voie basse dont la mère avait reçu des antibiotiques pendant l’accouchement et chez des bébés non allaités les premières semaines.

La bonne nouvelle : ces différences s’estompent en grande partie. Dans la grande étude portant sur 903 enfants, le mode d’accouchement ne se voyait nettement que dans la première phase, jusqu’au 14e mois environ, puis à peine. Qu’une césarienne augmente le risque ultérieur d’allergies, d’asthme ou de surpoids via le microbiote, comme le suggèrent des études d’observation, n’est pas prouvé. Les enfants nés par césarienne diffèrent aussi sur d’autres points, par exemple la raison de la césarienne.

Bifidobacterium infantis est devenu rare dans les pays industrialisés, même chez les enfants allaités. Une étude a montré que lorsque les bifidobactéries, et surtout leurs gènes permettant d’utiliser les sucres du lait maternel, manquaient, les bébés avaient plus de signes d’inflammation dans le sang. Les bébés allaités ayant reçu B. infantis en complément présentaient dans l’intestin moins de messagers liés aux allergies.

Les antibiotiques pendant les deux premières années de vie sont associés à un risque accru de plusieurs maladies. Dans une étude américaine portant sur plus de 14 500 enfants, 70 pour cent avaient reçu au moins un antibiotique pendant leurs deux premières années. Ils ont ensuite plus souvent développé asthme, rhume des foins, eczéma, maladie cœliaque Maladie cœliaque Une maladie auto-immune dans laquelle le gluten abîme la muqueuse de l’intestin grêle. On la diagnostique par une prise de sang et le plus souvent une biopsie, tant qu’on mange encore du gluten. Plus dans le chapitre « Lactose, fructose, gluten : bien comprendre les intolérances », surpoids et TDAH, de 1,2 à 2,9 fois plus selon la maladie. Là aussi, on ne sait pas quelle part revient aux antibiotiques et quelle part aux infections qui les ont rendus nécessaires.

L’environnement compte aussi. Les enfants amish et huttérites aux États-Unis ont des origines et un mode de vie similaires, mais les Amish pratiquent une agriculture traditionnelle avec des animaux dans la cour, les Huttérites une agriculture industrielle. Chez les enfants amish, l’asthme et les allergies étaient quatre à six fois plus rares, et la poussière de maison contenait près de sept fois plus de matière bactérienne. Chez la souris, la poussière des maisons amish protégeait de l’asthme allergique, celle des maisons huttérites non.

Chez les grands prématurés, l’intestin est encore immature et le microbiote se développe en soins intensifs sous antibiotiques. Une entérocolite ulcéro-nécrosante peut alors survenir, une inflammation grave de l’intestin qui peut être mortelle. Une revue Cochrane de 60 études portant sur plus de 11 000 prématurés a montré que les probiotiques Probiotiques Des micro-organismes vivants censés apporter un bénéfice en quantité suffisante. L’effet dépend de chaque souche. Plus dans le chapitre « Bien utiliser les aliments fermentés » réduisaient ce risque environ de moitié et diminuaient légèrement la mortalité.